A linha férrea Tokaido de Shinkansen começou a ser construída em 1959 com o objetivo de ser inaugurada, com o trem mais rápido de todos os tempos, antes das Olimpíadas de Tóquio de 1964. Em Shinkansen Zero-Kei, os jogadores assumem o papel de seus construtores. Eles assumirão a responsabilidade de construir essa histórica linha férrea e suas correspondentes estações. Eles também podem ajudar os locais das Olimpíadas em sua preparação para os Jogos. O jogador que provar ser o mais eficiente em seu trabalho será declarado o vencedor da partida.